关于这个问题，理论上和实践中都存在着较大的争议。但是，笔者认为法院应当进行全面性审查。主要理由有：
第一，复议机关作出行政复议决定的案件，行政相对人不服的，有权向人民法院起诉。行政机关在受理行政复议案件的过程中，必须要对行政行为作出的合法性及依据进行全面性的审查。首先，这是复议机关行使监督权的应有之义；其次，只有全面性审查，才能了解涉案行政行为作出是否合法、合理。
第二，基于第一点所说的，行政相对人对复议决定不服的，在向法院起诉以后，人民法院审理过程中，也应当对行政行为进行全面性审查。首先，这是司法权监督行政权的体现；其次，从保护行政相对人的利益来看，法院只有全面性审查，才能了解被诉行政行为是否合法及有无依据。否则，行政相对人的利益如何保障和维护？
第三，需要说明的是，根据《行政诉讼法》的规定，这里的全面性审查应当指的主要是合法性的全面性审查，一般不包括适当性（合理性）的全面性审查。因为，适当性（合理性）原则通常是对行政机关的要求，司法权通常不具有对行政行为适当性（合理性）进行审查的权力。否则，有过渡干预行政权之嫌。司法权的设置要求审查行政行为的时候，保证不违法，符合合法性要求就可以，一般不审查适当性（合理性）。因为只要合法了，适当性（合理性）是行政机关作出或者审查行政行为时需要考虑的，其在一定范围内可以自由裁量。当然，这并不是绝对的，如果作出的行政行为严重违反适当性或者不合理的话，这个时候作为法院也可以对适当性（合理性）进行干预，实现相对公平正义的裁判。从而保证行政相对人和行政机关之间权利义务的平衡。
综上所述，法院应当进行全面性审查，且在一般情况下，只能对合法性进行全面性审查。除非在严重不合理的情况下，法院可以对适当性（合理性）进行全面性审查，从而维护和保障行政相对人的合法利益。
法律依据：
1、《行政诉讼法》
第六条 人民法院审理行政案件，对行政行为是否合法进行审查。
第七十七条 行政处罚明显不当，或者其他行政行为涉及对款额的确定、认定确有错误的，人民法院可以判决变更。
人民法院判决变更，不得加重原告的义务或者减损原告的权益。但利害关系人同为原告，且诉讼请求相反的除外。
2、《行政复议法》
第三条 依照本法履行行政复议职责的行政机关是行政复议机关。行政复议机关负责法制工作的机构具体办理行政复议事项，履行下列职责:
（一）受理行政复议申请；
（二）向有关组织和人员调查取证，查阅文件和资料；
（三）审查申请行政复议的具体行政行为是否合法与适当，拟订行政复议决定；
（四）处理或者转送对本法第七条所列有关规定的审查申请；
（五）对行政机关违反本法规定的行为依照规定的权限和程序提出处理建议；
（六）办理因不服行政复议决定提起行政诉讼的应诉事项；
（七）法律、法规规定的其他职责。
行政机关中初次从事行政复议的人员，应当通过国家统一法律职业资格考试取得法律职业资格。
第二十八条 行政复议机关负责法制工作的机构应当对被申请人作出的具体行政行为进行审查，提出意见，经行政复议机关的负责人同意或者集体讨论通过后，按照下列规定作出行政复议决定:
（一）具体行政行为认定事实清楚，证据确凿，适用依据正确，程序合法，内容适当的，决定维持；
（二）被申请人不履行法定职责的，决定其在一定期限内履行；
（三）具体行政行为有下列情形之一的，决定撤销、变更或者确认该具体行政行为违法；决定撤销或者确认该具体行政行为违法的，可以责令被申请人在一定期限内重新作出具体行政行为:
1、主要事实不清、证据不足的；
2、适用依据错误的；
3、违反法定程序的；
4、超越或者滥用职权的；
5、具体行政行为明显不当的。
（四）被申请人不按照本法第二十三条的规定提出书面答复、提交当初作出具体行政行为的证据、依据和其他有关材料的，视为该具体行政行为没有证据、依据，决定撤销该具体行政行为。
行政复议机关责令被申请人重新作出具体行政行为的，被申请人不得以同一的事实和理由作出与原具体行政行为相同或者基本相同的具体行政行为。
